Rio das Cinzas, Jacarezinho, Laranjinha, Arrozal, do Peixe, do Engano, Ribeirão Grande, Preto, da Onça, dos Índios, das Antas, do Meio, da Canastra, Bonito, Novo, do Saltinho e das Pedras
Bacia hidrográfica do Iguaçu
55.034
1.275
Rio Iguaçu, Chopin, Negro, Jordão, Areia, Passaúna, Andrade, Capanema, dos Índios, Represinha, Represa Grande, Benjamim Constant, Floriano, Gonçalves Dias, Sarandi, Lajeado Grande, Pinhalito, São Bento, Tamanduá, Canoas, Chopinzinho, Belém, Barigui, da Várzea, Iraí, Timbu, Atuba, Padilha, Miringuava, Verde, Potinga, Piraquara, Pato Branco, Pequeno e Iratim
Bacia hidrográfica do Itararé
5.189
...
Rio Itararé, Jaguariaíva, Jaguaricatu, da Fartura, Claro, da Pescaria, Barra Mansa, das Mortes,da Barra, Cajuru, da Grama, Corredeira, Figueira e Tucunduva
Bacia hidrográfica do Ivaí
36.622
685
Alonzo, Bom, das Antas, São João, Corumbataí, Mourão, Ivaí, Ligeiro, dos Índios, Paranavaí, Borboleta, Ribeirão dos Patos, Marialva, Suruqua, São Mateus, Bandeirantes, Pinguim, Keller, Barbacena, Cambará, Pitanga, Barra Preta, Ariranha, Azul, Pindauva, Cascata, Jacutinga, Bugre, da Saudade, Vora e São Tomé
Bacia hidrográfica Litorânea
5.766
...
Guaraqueçaba,Tagaçaba, Cachoeira, Nhundiaquara, Marumbi, São João, Descoberto, Cubatão, Guanxuma, Rio da Praia, dos Patos, Ipanema, do Cedro, das Palmeiras, Sai-guaçu, Rio das Pedras e Guaraguaçu
Bacia hidrográfica Paraná I
1.322
...
Ribeirão dos Patos, do Patrão, São Pedro, Areia Branca, Rio Paraná, Ribeirão Marilena, Taquarucu, Atibaia, do Quati, da Prata, Pavão, Água Funda e Caveira
Bacia hidrográfica Paraná II
2.824
...
Prado, São João, Jequitira, Paraca, Itauna, do Veado, Paraná, Iporã, Ribeirão Palmital, Bela Vista e Guarucu
Bacia hidrográfica Paraná III
8.383
...
Arroio Guaçu, São Francisco, São Francisco Falso, Paraná, São Domingos, Marreco, Morenão, São Vicente, Feijão Verde, Santa Quitéria, Belmonte, Lajeado Gavira, Salamanca e Azul
Bacia hidrográfica Paranapanema I
1.257
...
Paranapanema, Fartura, Ribeirão Ourinhos, Ouro, Raposa, do Poço, Alambari, Taquaral e Anhumas.
Bacia hidrográfica Paranapanema II
695
...
Rio Paranapanema, das Flores, Arapuã, das Pedras, Taquaruca, Ribeirão do Veado e do Matracas
Bacia hidrográfica Paranapanema III
3.744
...
Rio Paranapanema, Santo Inácio, Centenário, do Capim, Bagé, Vermelho, Pelotas, Ribeirão do Tenente, do Pacu, Sururu, do Canto, Água Clara, Santa Inês, Braço Grande e Rondon
Bacia hidrográfica Paranapanema IV
4.141
...
Ribeirão do Diabo, Corvo, Caiuá, Ribeirão do Tigre, Marabá, Paranapanema, do Quati, Guairaça, Coroa de Frade, do Jacareí e Inglês
Bacia hidrográfica do Piquiri
24.678
484
Goio-bang, Goio-erê, Xambrê, Sapucai, Piquiri, Cantu, Hong Kong, Ribeirão Jangada, Paulista, Melissa, Verde, Tourinho, dos Jesuítas, das Antas, Pinhalito, Diamante, Cascudo, São Manoel, Pinhal Grande, Cacheirinha, Caracol e Caratuva
Bacia hidrográfica do Pirapó
5.023
168
Pirapó, Bandeirantes do Norte, Ribeirão Vagalume, Uniflor, Caxanga, Colorado, Atalaia, Triunfo, Valência, Jupira, Santa Rita, Cachoeirinha, Ipiratinga, Fernão Dias, do Inventor e Pitangueiras
Bacia hidrográfica do Ribeira
9.130
220
Açungui, Ribeira, Santa Ana, Turvo, Capivari, Caratuva, do Prestes, Socavão, do Carmo, das Pombas, Piedade, Pulador, Barra Bonita, do Tigre, Faisqueira, Bom Sucesso, Mato Preto, Sete Quedas, Grande, das Onças, Itapirapuã, São Sebastião, da Forquilha e do Lajeado
Bacia hidrográfica do Tibagi
24.713
550
Taquara, Apertados, Três Bocas, Iapó, São Jerônimo, Ttibagi, Jacutinga, Congonhas, das Antas, Pitangüi, Conceição, Couro de Boi, das Abóboras, Barra Funda, Rosário, Pinhalzinho, do Areião, Marrecas Grande, Imbauzinho, Santa Rosa, Palmito, da Cotia, São Francisco, Sabão, do Quati, Lajeadinho, Alegre, das Laranjeiras, Quebra Perna, Pinheiro Seco e Lambari